生殖器，母仓鼠的生殖器离肛门的位置要近一些，公仓鼠的生殖器距离肛门的位置会远一些；毛发，公仓鼠因为生殖器离肛门的位置较远，在两点间会存在有毛发，母仓鼠两点间则不会有毛发；体腺臀部，公仓鼠会长有体腺，臀部较大，母仓鼠没有体腺，臀部较为瘦小。

1、生殖器

分辨仓鼠的公母可以观察生殖器和肛门的距离，母仓鼠的生殖器离肛门的位置要近一些，公仓鼠生殖器的距离离肛门要远一些，并且在公仓鼠性成熟后，下方会长出2个球形的睾丸，表现的十分明显。

2、毛发

小仓鼠的生殖器官表现的不是很明显，区分起来较为困难，但能观察生殖器附近的毛发来区分，小的公仓鼠生殖离肛门的位置较远，在两点间会存在有毛发。母仓鼠因为距离较近，所以两点间不会存在有毛发，在腹部两侧会有不对称的奶头。

3、体腺臀部

还可以观察仓鼠身上的体腺来区分公母，一般只有公仓鼠才会生长有体腺，虽然不同品种的公仓鼠体腺存在的位置会有所差异，但母仓鼠绝对不会长出体腺。公仓鼠的臀部较大，显得红肿圆润，而母仓鼠的臀部瘦小，大多呈三角小，肛门较小呈闭拢状。