1955年10月，在涂治教授的倡导和策划下，自治区农林牧科学研究所成立，研究所是新疆第一个正规科学研究机构。

1959年2月，自治区人民委员会决定农林牧科研所一分为四，成立农业、林业、畜牧兽医、农业机械化4个独立研究所，分别隶属自治区农业厅、林业厅、畜牧厅、农业机械工业管理局领导。

1962年9月，上述农林牧机四所重新合併，恢复新疆维吾尔自治区农林牧科学研究所名称，归中国科学院新疆分院代管，同时接受自治区农业厅、林业厅、畜牧厅的指导。

1964年5月18日，自治区人民委员会决定在农林牧科研所基础上成立新疆维吾尔自治区农业科学院。1965年2月8日召开庆祝大会，自治区党委第一书记王恩茂出席并宣布新疆农科院正式成立。

1981年2月，林业、造林治沙两个研究所分出，成立新疆林业科学院，归属自治区林业厅直接领导。1982年6月，畜牧、兽医两个研究所连同种鸡试验场分出，成立新疆畜牧科学院，归属自治区畜牧厅直接领导。

据2018年4月官网资料显示，农科院共有在职职工996人，其中，专业技术人员798人，正高级职称93人、副高级职称207人，硕士及以上学位的人员280人；有中国工程院院士1名，国家级有突出贡献专家7名，享受政府特殊津贴专家50名，国家级“百千万人才”4名，自治区优秀专家51人次，自治区优秀专业技术工作者44人次。

中国工程院院士：吴明珠。

国务院特殊津贴专家：伊鸿平、陈跃华、卢春生、孔庆平、吴新元、戴健、马祁、杜伟、陈彤。

据2018年4月官网资料显示，农科院设有19个科研机构，有10个试验场站；建有国家、部委、自治区各类科技平台55个。其中：建有国家现代农业科技示範区，国家棉花工程技术研究中心，科技部国际科技合作基地，农业部棉花、甜菜、大麦改良分中心，农业部部级检验测试监测中心4个，国家野外观测站2个，农业部产业技术体系试验站16个，农业部原原种基地5个，国家农作物品种资源中期保持库，国家灰漠土肥力与肥料效益重点野外监测站，国家微生物菌种保存分中心，国家果树种质资源圃，国际玉米小麦改良中心（CIMMYT）新疆小麦试验站；建有自治区重点实验室2个，育种家基地6个，西甜瓜育种研发基地2个，科技成果转化中心，引智示範基地4个；建有海南三亚农业科技示範园，发酵中试车间。

科研机构：新疆农业科学院粮食作物研究所、新疆农业科学院经济作物研究所、新疆农业科学院园艺作物研究所、新疆农业科学院植物保护研究所、新疆农业科学院土壤肥料与农业节水研究所、新疆农业科学院核技术生物技术研究所、新疆农业科学院微生物研究所、新疆农业科学院农业机械化研究所、新疆农业科学院农业质量标準与检测技术研究所、新疆农业科学院农业经济与科技信息研究所、新疆农业科学院农作物品种资源研究所、新疆农业科学院吐鲁番农业科学研究所、科技成果转化中心、新疆农业科学院棉花工程技术研究中心、新疆农业科学院哈密瓜研究中心、新疆农业科学院生物质能源研究所、新疆农业科学院农产品贮藏加工研究所、新疆农业科学院农药试製中心、科技交流中心。

试验场站：综合实验场、海南三亚农作物育种试验中心、玛纳斯农业试验站、奇台麦类试验站、轮台果树资源圃、拜城农业试验站、库车陆地棉试验站、温宿水稻试验站、墨玉农业试验站、莎车农业试验站。

据2018年4月官网资料显示，农科院共有科研仪器设备2382台（套），实验室面积1.22万平方米，土地面积3.34万亩，总建筑面积1.99万平方米。

据2018年4月官网资料显示，新疆农业科学院图书馆有馆藏农业类图书10万余册，中外文期刊合订本2万余册，中文、外文农业期刊2千余种，内刊、资料6万种，22万册。订购各种报刊、杂誌千余种，各语种藏书30万册。此外尚有联合国粮农组织（FAO）专藏及自建中文内刊文献资料库收录资料从60年代、80年代、90年代到至今有关水稻、玉米、棉花、甜菜、油菜、红花、蓖麻等资料3万余条。

图书馆有中外文信息资源25种。外文专题资源15种，其中全文文献有8种，文摘与题录7种；中文信息资源有11种，其中中文期刊资料库资源3种（维普中文科技学术期刊全文资料库、万方数据资源系统等），特色资源资料库6种（中亚五国专业资料库、新疆棉花产业综合等六种特色资源资料库、重要报纸、博硕士论文等专业资料库），智慧财产权信息网2种（中国智慧财产权网、扬凌农业智慧财产权信息网），联合国粮农组织FAO专藏、电子图书等。

据2018年4月官网资料显示，农科院共获得省部级二等奖以上奖励137项；审（认）定新品种293个；获得授权专利168个；推广自育与引进农作物新品种357个。科技成果套用率达到70%，辐射全疆各个县（市）。

《农村科技》1985年创刊，是由新疆农业科学院、新疆维吾尔自治区党委农村工作办公室、新疆农业大学、自治区科协联合主办，面向国内外公开发行的省级农业技术类科技期刊。国内统一刊号：CN65-1046/S；国际标準刊号：ISSN 1002-6193；国内邮发代号：58-94。

农村科技

2007年起，《农村科技》先后与中国学术期刊CNKI资料库、万方资料库、中文科技期刊资料库签订全文收录协定。2012年，《农村科技》入选“东风工程”。

《农村科技》设有农业技术、园艺特产、植物保护、土壤肥料、品种介绍、种草种树、畜牧水产、兽医站、贮藏与加工、农牧机械、农田水利、农业设施、农业经济等20余栏目。

《新疆农业科学》创刊于1958年，由新疆农科院主管，新疆农科院、新疆农业大学、新疆农学会主办的综合性农业学术期刊，为中国科技核心期刊、中文核心期刊、中国农业核心期刊、RCCSE中国核心学术期刊。

新疆农业科学

2011年主持项目荣获新疆科技进步奖三等奖，1991～2011年7次荣获新疆科技期刊质量评比一等奖；第二届全国优秀科技期刊三等奖；1999～2011年荣获五届新疆期刊奖；2008～2011年连续获得新疆科协科技期刊资助项目；2003获得首批清华大学《CAJ-CD规範》执行优秀期刊。

期刊被美国CA、俄罗斯《文摘杂誌》等、CSCD、CJCR、CAS-OAJ等国内外46家知名资料库、中国知网优先数字出版、开放存取平台及检索刊物收录。

党委书记、副院长：朱政

党委副书记、院长：陈彤

党委委员、副院长：杜伟、马祁、戴健、木开依·加尔肯别克、贡锡锋（援疆干部）

党委委员、纪委书记：丛健