2002年3月28日，根据济编髮〔2001〕31号档案精神，撤销济南市卫生防疫站，成立济南市卫生监督大队，为全额预算管理县级事业单位，编制60人。2003年6月，济南市卫生监督大队更名为山东省济南市卫生局卫生监督所。2007年2月，监督所编制由60人调整为100人。2008年11月批准参照公务员管理，现有在职职工80人，目前下设办公室、政工人事科（宣传信息科）、财务科、卫生法制稽查科、许可受理审查科、公共卫生与学校卫生监督科、职业与放射卫生监督科（预监审核科）、传染病监督科、医政监督科共9个科室。

监督所是济南市卫生局授权行使卫生监督与行政执法职能的执行机构。承担着《职业病防治法》、《传染病防治法》、《中华人民共和国母婴保健法》、《中华人民共和国献血法》、《中华人民共和国执业医师法》、《食品安全法》6部法律，《医疗机构管理条例》等24部法规和《性病防治管理条例》等140余部部门规章的监督执法任务。工作涉及全市医疗卫生、学校、消毒产品、涉水产品、生活饮用水、职业卫生、放射卫生、传染病防治等单位以及宾馆、游泳场所、体育场馆、沐浴场所、美容美髮、文化娱乐场所、商场、影剧院等公共场所。