1、低温存储

酸奶菌是一种活性微生物，在它的自然极限范围内，细胞代谢速率会随着温度的下降而减缓，这样就可以延长酸奶菌的储存寿命。因此，将酸奶菌放入低温环境中可以有效地延长其保存时间。一般来说，放入冰箱的冷藏室中即可存放一到两周时间；放入冰箱的冷冻室中则可保存数个月时间，需要使用时只需解冻即可使用。

2、干燥贮存

除了低温储存，干燥贮存也是一种最常用的方法。将酸奶菌培养完成后，将其放入干燥器中，经过干燥处理后，可将酸奶菌制成干酸奶或酸奶粉，这样可以大大延长其使用寿命。

干酸奶一般可在常温下保存3至6个月，酸奶粉则可保存至一年以上。但是需要注意的是，在制作干酸奶或酸奶粉的过程中，一定要控制好干燥温度和时间，否则会影响酸奶菌的存活能力。

3、无菌保存

无菌技术是指不让酸奶菌与空气及杂菌接触，从而防止细菌受到外来污染和感染。采用无菌技术可以大大延长酸奶菌的保存时间并保证其品质。将酸奶菌放入无菌瓶中后将其密封，即可进行无菌保存。在制作过程中需要注意消毒工作，以免污染酸奶菌。

4、及时使用

无论是低温储存、干燥贮存还是无菌保存，其根本目的都是为了延长酸奶菌的使用寿命。但应该请记住，酸奶菌也是一种微生物，无法长期保存，即便采取了各种保鲜措施，也应尽快使用。通常情况下，酸奶菌最好在培养完成后即刻使用，以保证其品质和活性。