1、满军旗建立于清朝前身后金起兵时，汉军旗建立于后金与明朝开战时，满军旗建立时间更早。2、满军旗是清朝的嫡系，地位较高，汉军旗多半是明朝的降兵降将，地位低下。3、满军旗的主要人员是满族人，汉军旗的主要成员以汉人为主。

1、出现时间不同

满军旗是清朝前身后金起兵时建立的，而汉军旗是后金与明朝开战时建立的。

2、地位不同

满军旗是清朝的嫡系，其地位比较高，而汉军旗多半是明朝的降兵降将，地位低下。

3、人员不同

满军旗的主要人员是按照八旗进行分类的满族人，而汉军旗的主要人员以汉人为主，也有少数的汉化女真人以及蒙古人等。

注意事项：汉军旗与八旗满洲﹑八旗蒙古一起共同构成清代八旗的一个大整体，并且汉军旗和满军旗都采用了同样的建制和旗色，主要有镶黄旗、正黄旗、正蓝旗、正红旗、镶红旗、正白旗、镶白旗、镶蓝旗。