种子优劣直接影响幼苗和盆花的质量，因此对瓜叶菊的繁殖首先要选好结籽的母株，即花色好、无病虫害的健壮植株为母株，不同花色的品种应分别放置在适生的环境条件下养护管理，以免相互传粉杂交变异。

在开花结籽期，适当疏去植株叶子1/3，选留优质叶片2/3，以利光合作用，减少养分的消耗，促使结实饱满。因瓜叶菊成熟期不一，应分期分批采收成熟种子，采收后的种子必须晾干，清除杂质，贮存在阴凉干燥处。