小鳄龟可以深水养，但水里面必须放一些石头等垫脚物，因为它需要将脖子伸出水面。小鳄龟游泳能力很差，如果深水养没有落脚处，对它的健康有害。一般来说，饲养小鳄龟的水深可以设置得比它身高高三厘米左右。