母狗配种时不配合可能还处于发情前期，这时主人需要等待最佳的配种时间。也有可能是因为母狗抵触身体接触，这时主人可以让母狗与公狗多相处一会。如果主人不想错过最佳配种时机，可以考虑使用配种架或进行人工授精。

1、等最佳配种期

如果母狗处于发情前期，还没到发情中后期，那它会不愿意进行配种，这时主人需要再等等，等到了最佳的配种时间再试试。通常来说，第一次配种的母狗最佳配种时间在发情后的11-13天里。

2、多与公狗相处

有些母狗对异性比较敏感，会抗拒公狗的身体接触，这时主人可以先让母狗与公狗单独相处一段时间，磨合一下感情，然后再进行配种。如果这种情况下母狗还是不配合，可以考虑使用配种架。

3、进行人工授精

但有些公狗可能会对配种架产生抵触情绪，不愿意交配，这时为了避免错过最佳的配种时机，主人可以考虑带母狗去宠物医院进行人工授精，采集公狗的精子后直接打入母狗的子宫里。