农村土地承包经营权入股，是指在确保农村土地集体所有权性质不变的前提下，农户以家庭土地承包经营权为股份投资入股到公司里，以公司化的方式对土地经营实行规模化运作，从而最大限度地发挥土地的增值效益。一般做法是：对农民土地承包经营权作价入股，以股份方式投入到公司中，农民根据自己的选择，既可成为公司员工，继续参与土地经营，也可选择外出打工，不参与土地经营。入股农民(股东)可以凭藉拥有的公司股份，按股分红；公司则将土地承包经营权作为其法人财产，投资经营，获取利润，从而实现资本增值。家庭承包土地承包经营权出资入股公司法律障碍，具体表现在：

(1)家庭承包的土地承包经营权出资入股公司与《农村土地承包法》的法律规範实质内容相冲突。《农村土地承包法》第42条规定：“承包方之间为发展农业经济，可以自愿联合将土地承包经营权入股，从事农业合作生产。”《农村土地承包经营权流转管理办法》第16条规定：家庭承包的“承包方依法採取转包、出租、入股方式将农村土地承包经营权部分或者全部流转的，承包方与发包方的承包关係不变，双方享有的权利和承担的义务不变。”该法第19条规定：“承包方之间可以自愿将承包土地入股发展农业合作生产，但股份合作解散时入股土地应当退回原承包农户。”可见，家庭承包的土地承包经营权入股，其“承包方与发包方的承包关係不变”和“股份合作解散时入股土地应当退回原承包农户”。显然，入股方仍然保留物权性质的土地承包经营权，不发生物权的土地承包经营权移转(即不发生财产权转移)，不属“物权性的土地承包经营权流转”，否则，若属“物权性的土地承包经营权流转”，入股后土地无法退回原承包农户。而《关于以农村土地承包经营权入股设立公司工商登记的有关问题的通知》“二、农村土地承包经营权入股设立公司办理注册登记应当把握的主要问题”之“(五)财产权过户”规定：“以农村土地承包经营权入股设立公司，应当在登记前完善财产权转移手续，提交区县土地承包管理部门出具的已办理农村土地承包经营权权属转移登记的书面证明。”可见，家庭承包土地承包经营权出资入股公司，发生财产权转移(即发生物权性质的土地承包经营权移转)。因此，家庭承包的土地承包经营权出资入股公司发生财产权转移与《农村土地承包法》的法律规範家庭承包的土地承包经营权入股其“承包方与发包方的承包关係不变”和“股份合作解散时入股土地应当退回原承包农户”(即不发生财产权转移)实质内容相冲突。

(2)家庭承包的土地承包经营权入股的保底约定与现行法律的公司利润分配规定相冲突。在土地承包经营权入股的实践中，为了确保土地保障功能不因入股而受到影响，多数公司在与农户签订投资入股协定时约定了特别保底条款，即在土地承包经营权入股以后，家庭承包的土地承包经营权入股的股东可以拿到固定的分红，该固定股利与公司经营业绩无关。家庭承包的土地承包经营权入股的保底约定存在的法律问题有：①违反公司利润分配应遵循“无盈不分”的基本原则，即有公司法》第167条对公司利润分配作出规定，公司利润必须是在弥补亏损、上交税收和提取法定公积金、任意公积金以后的剩余部分，经股东会、股东大会或董事会作出决议后方可分配。从性质上看，《公司法》第167条属于公司法的强制性规定，股东会、股东大会及董事会所作出的决议不得违反该条规定，否则依据该决议所进行的分配无效，股东必须将违反本规定分配的利润退还给公司。即便投资入股时有特别约定，该约定也因违反这一规定而无效。②违反公司法“同股同利”的法律公平正义原则。土地承包经营权入股后，“保底分红”(其性质应是土地租金而非股利)造成因出资形式不同其股东之间权利义务不对等，违背了法律的公平正义原则。

(3)股东的土地承包经营权剩余期限不一致问题。《关于以农村土地承包经营权入股设立公司工商登记的有关问题的通知》规定：“公司营业期限不超过入股农民第二轮农村土地承包的剩余期限。”“公司营业期限由章程规定，但最长不得超过第二轮农村土地承包的剩余期限。”“当地农村土地承包的到期日由土地承包管理部门出具证明。各股东用于出资的农村土地承包经营权期限不一致的，以最短期限为準。”其存在的问题有：①股东土地承包经营权剩余期限超过公司营业期限的，家庭承包的土地承包经营权出资入股公司，发生财产权转移(即发生物权性质的土地承包经营权移转)。②股东土地承包经营权剩余期限短于公司营业期限的，必将失去土地承包经营权入股的机会。

(4)家庭承包的土地承包经营权入股权属转移登记与现行法律规定相冲突。《农村土地承包经营权证管理办法》第4条第3款规定：“县级以上地方人民政府农业行政主管部门负责农村土地承包经营权证的备案、登记、发放等具体工作。”第14条第1款规定：“承包期内，承包方採取转包、出租、入股方式流转土地承包经营权的，不须办理农村土地承包经营权证变更。”《关于以农村土地承包经营权入股设立公司工商登记的有关问题的通知》“二、农村土地承包经营权入股设立公司办理注册登记应当把握的主要问题”之“(五)财产权过户”规定：“以农村土地承包经营权入股设立公司，应当在登记前完善财产权转移手续，提交区县土地承包管理部门出具的已办理农村土地承包经营权权属转移登记的书面证明。”其存在的问题有：①农村土地承包经营权入股权属转移登记与《农村土地承包经营权证管理办法》规定“入股方式流转土地承包经营权的，不须办理农村土地承包经营权证变更”不一致。②农村土地承包经营权入股权属转移登记性质不明，属登记要件(生效)主义，或属登记对抗主义。

(5)公司转让土地承包经营权存在法律问题。家庭承包的土地承包经营权入股设立公司后，公司移转继受取得物权性质土地承包经营权，土地承包经营权属于公司财产，公司财产具有可转让性，即指用于出资的非货币财产(如土地承包经营权)应当可以依法在不同的法律主体之间自由进行财产或者财产性权利的转移。公司转让土地承包经营权存在如下法律问题：①自由转让土地承包经营权与《农村土地承包法》第37条规定“採取转让方式流转的，应当经发包方同意”不吻合。②土地承包经营权在不同的法律主体之间转让与《农村土地承包法》第41条规定“土地承包经营权转让给其他从事农业生产经营的农户”也不一致。③《关于以农村土地承包经营权入股设立公司工商登记的有关问题的通知》没有规定公司可否转让土地承包经营权。④公司转让土地承包经营权与股东“置换其出资”相冲突。

(6)家庭承包的土地承包经营权入股的股东股权转让存在法律问题。《关于以农村土地承包经营权入股设立公司工商登记的有关问题的通知》规定：“以农村土地承包经营权入股的股东在全额置换其出资之前，不得向农民以外的单位或者个入转让其股权。有特殊原因确需向农民以外的入转让股权的，受让入应当以货币、实物等符合法律法规规定的出资形式置换转让入出资的农村土地承包经营权；公司应同步申请办理股东、出资形式等事项的变更登记。登记时，公司应当提交变更出资形式的《验资证明》。”家庭承包的土地承包经营权入股的股东股权转让，存在如下法律问题：①家庭承包的土地承包经营权入股的股东股权转让限度过多。就股权转让制度而言，根据公司法的一般原理，股东财产一旦投入公司里就成为公司的法人财产。《公司法》第36条规定：“公司成立后，股东不得抽逃出资。”即股东无法通过收回出资形式退出公司，只能通过转让股份方可退出公司。“以农村土地承包经营权入股的股东在全额置换其出资之前，不得向农民以外的单位或者个人转让其股权。”可见，该股东股权转让限度过多，与《公司法》规定股东股权原则上自由转让不吻合。②家庭承包的土地承包经营权入股的股东“置换其出资”的规定表明公司不欢迎家庭承包土地承包经营权入股。③股东“置换其出资”造成公司土地承包经营权不稳定，不利于以公司化的方式对土地经营实行规模化运作。

(7)家庭承包的土地承包经营权入股的股东股权转让存在两种优先权相冲突问题。家庭承包的土地承包经营权入股的股东股权转让实际上是“土地承包经营权转让”。《公司法》第三章“有限责任公司的股权转让”第72条规定：“有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。”“股东向股东以外的入转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东徵求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答覆的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。”《农村土地承包经营权流转管理办法》第9条规定：“农村土地承包经营权流转的受让方可以是承包农户，也可以是其他按有关法律及有关规定允许从事农业生产经营的组织和个人。在同等条件下，本集体经济组织成员享有优先权。”其存在的法律问题有：①有限责任公司的股东之间自由转让股权与“本集体经济组织成员享有优先权”相冲突。因为有限责任公司的全体股东不一定都是“本集体经济组织成员”。②在同等条件下，“其他股东有优先购买权”与“本集体经济组织成员享有优先权”相冲突。同样，有限责任公司的其他股东不一定都是“本集体经济组织成员”。③虽然“公司章程对股权转让另有规定的，从其规定”，可以解决这种冲突，但是，有限责任公司具有人合的性质，若将公司股权优先转让给予公司其他股东(无关係的集体经济组织其他成员)，显然违背了公司的人合性，更重要的是，此种转让不利于公司的发展。因此，在入股的土地承包经营权流转中，优先适用《公司法》抑或《农村土地承包经营权流转管理办法》，成为疑问。

(8)家庭承包的土地承包经营权入股后公司破产的清算问题。根据《企业破产法》第30条“破产申请受理时属于债务人的全部财产，以及破产申请受理后至破产程式终结前债务人取得的财产，为债务人财产”的规定，家庭承包的土地承包经营权入股出资的土地承包经营权作为公司财产的组成部分，应当纳入破产财产，用于清偿公司债务。就公司清算制度而言，依据《公司法》第184条规定，公司解散、破产时都必须进行清算，土地承包经营权作为公司资产用来偿还公司债务成了问题。同时，《农村土地承包法》第9条规定：“国家保护集体土地所有者的合法权益，保护承包方的土地承包经营权，任何组织和个人不得侵犯。”《最高人民法院关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》第15条规定：“承包方以其土地承包经营权进行抵押或者抵偿债务的，应当认定无效。对因此造成的损失，当事人有过错的，应当承担相应的民事责任。”其存在法律问题：(1)土地承包经营权不能抵偿债务与公司破产清算制度不吻合。(2)如果不允许土地承包经营权偿还公司债务，则与公司法人财产的规定发生冲突。(3)允许土地承包经营权偿还公司债务与股东“置换其出资”相冲突。因为，用于偿还公司债务的土地承包经营权，股东无法“置换其出资”。