1．生化检查
生化检查是遗传性疾病诊断的重要辅助手段。
（1）蛋白质和酶的检测：蛋白质的检测方法主要有电泳技术、肽链和胺基酸顺序分析等；酶的检测方法主要有电泳速率法、免疫反应技术、酶动力学技术、指纹分析法等。检测标本包括患者血液和特定的组织、细胞，如成纤维细胞、肠黏膜细胞等。
（2）底物或代谢产物检测：酶的异常可导致一系列的代谢紊乱，表现为代谢中间产物、底物、终产物等发生质和量的变化。因此检测底物、代谢产物等质和量的变化，可以间接反映酶的变化。
2．细胞遗传学检查
（1）染色体核型检查：通过染色体检查进行染色体核型分析，是确诊遗传性疾病的主要方法。染色体检查多取外周血做淋巴细胞培养，产前诊断时取绒毛、羊水中胎儿脱落细胞、脐带血等。如患者出现以下情况应考虑行染色体核型分析检查：①患有遗传性疾病者；②有多种先天性畸形；③有明显生长发育障碍或智慧型发育障碍；④性发育异常或不全；⑤孕妇年龄过大，不孕或多次自然流产史；⑥有染色体畸变家族史。
（2）性染色体检查：主要用作性发育异常疾病、真假两性畸形及性染色体数目异常疾病的辅助诊断。检查样本取自口腔黏膜上皮细胞、皮肤、女性阴道上皮细胞及绒毛细胞和羊水中胎儿脱落细胞等。标本涂片染色后进行观察。
3．分子遗传学检查
利用DNA重组技术检测人类遗传性疾病的基因缺陷，具有针对性强、特异性强、灵敏度高、诊断範围广等特点。由于大多数基因突变难以直接检测，因此基因诊断主要是以先证者为线索进行产前诊断。
（1）聚合酶链反应技术：聚合酶链反应技术是一种模拟体内DNA半保留複製过程，在体外酶促合成特异性DNA片段的方法。许多单基因遗传性疾病可通过聚合酶链反应技术诊断。
（2）短串联重複多态连锁分析法：短串联重複因在人群中重複次数不同而呈多态性，可通过聚合酶链反应技术检测短串联重複的多态性，再通过连锁分析进行基因诊断。
（3）限制性片段长度多态性连锁分析法：通过聚合酶链反应扩增出可能包含突变的基因组片段，然后利用限制性内切酶对这些聚合酶链反应片段进行酶切，电泳检测后根据酶切片段的长度差异来判断是否存在突变位点。该法一般用于检测已知的突变位点。
（4）寡核苷酸探针分析法：当基因突变的部位和性质明确时，可套用同位素标记的等位基因特异的寡核苷酸探针进行诊断。寡核苷酸探针分析法还可以和聚合酶链反应技术结合，以减少杂交时的非特异性信号。

1．染色体遗传性疾病
通过细胞遗传学检查即可确诊。
2．单基因遗传性疾病
（1）直接诊断：用聚合酶链反应基因扩增法结合限制性片段长度多态性分析、单链构型多态性分析、等位基因特异性寡核苷酸探针分析或直接DNA测序，可直接检测出单基因突变。
（2）间接诊断：若致病基因已被定位，可利用基因连锁分析对疾病进行间接诊断。间接诊断时需有较完整的患者家族资料和先证者。此外，由于单基因遗传性疾病的病变基础是蛋白质或酶分子结构或功能异常，因此可通过生化检查来间接诊断单基因遗传性疾病。
3．多基因遗传性疾病
由于涉及基因数量多，情况複杂，目前尚在研究之中。
4．线粒体遗传性疾病
线粒体DNA突变可引起多种线粒体遗传性疾病，通过分子遗传学检查可获得诊断。
5．体细胞遗传性疾病
体细胞遗传性疾病包括大部分肿瘤和某些先天畸形，须通过细胞遗传学、分子遗传学检查方法结合其他多种检查才可确诊。