针对直接病因诊断

特异性强，灵敏度高

适应性强，诊断範围广

目的基因是否处于活化状态均可，无组织和发育特异性

在感染性疾病的基因诊断中，可检测正在生长的病原体或潜伏病原体

可以是任何有核细胞，包括：

1.外周血白细胞、口腔黏膜细胞

2.活检标本、石腊包埋的组织块

3.沉澱细胞（唾液、痰液、尿液）

4.羊水细胞、绒毛细胞、 进入母体循环的胎儿细胞

（套用PCR，样本可微量化到一个细胞）

被检测基因是否已在染色体上定位；

被检测基因结构是否明确；

被检测基因已知的突变类型；

被检测基因有无紧密连锁的 DNA多态标记；

被检基因的功能及其在疾病发生髮展中的作用

基因突变的检测

基因连锁分析

基因表达的分析

①核酸分子杂交

②聚合酶链反应

③连线酶链反应

④DNA测序

⑤基因晶片技术

是从核酸分子混合液中检测特定大小的核酸分子的传统方法。核酸杂交反应是一对一的反应，即膜上有一个被检测分子时，相应就有一个标记的探针分子与它杂交。其原理是核酸变性和复性理论。即双链的核酸分子在某些理化因素作用下双链解开，而在条件恢复后又可依硷基配对规律形成双链结构。杂交通常在一支持膜上进行，因此又称为核酸印迹杂交。根据检测样品的不同又被分为DNA印迹杂交（Southern blot）、RNA印迹杂交（Northern blot）、点杂交和原位杂交。

用聚合酶链反应来扩增靶分子以特异性地增加靶分子量，达到提高敏感性的目的。

目前在实验室手工测序常用Sanger双脱氧链终止法。Sanger法就是使用DNA聚合酶和双脱氧链终止物测定DNA核苷酸序列的方法。它要求使用一种单链的DNA模板或经变性的双链DNA模板和一种恰当的DNA合成引物。其基本原理是DNA聚合酶利用单链的DNA模板，合成出準确互补链，在合成时，某种dNTP换成了ddNTP（2′，3′-双脱氧核苷三磷酸），这时，DNA聚合酶使ddNTP渗入到寡核苷酸链的3′末端，导致无3′-OH的核苷酸无法继续与其他核苷酸连线而终止了DNA链的生长。双脱氧核苷酸的种类不同，掺入的位置不同，就造成了在不同的位置终止的长度不等的互补链。通过掺入的放射性核苷酸结合聚丙烯醯胺凝胶电泳，即可读出模板DNA的互补链序列。

基因晶片技术是近年来发展十分迅速的大规模、高通量分子检测技术。其基本原理是核酸杂交，其基本过程是将许多特定的寡核苷酸片段或基因片段作为探针，有规律的排列固定于支持物上，形成矩阵点。现在的技术可以做到在25px2上排列成千上万个“点”。样品DNA/RNA通过PCR扩增、体外转录等技术掺入萤光标记分子，然后按硷基配对原理进行杂交，再通过萤光检测系统等对晶片进行扫描，并配以计算机系统对每一探针上的萤光信号做出比较和检测，得出所要的信息。