该船于2005年7月开工建造，2006年2月2日下水。

该船总长73.3m，型宽10.2m，型深4.6m，最大吃水3.4m，满载排水量1224吨，经济航速14节，最大航速16节，续航力5000海里，自持力30天，定员48人（科学家30人，船员18人）。

该船实验室总面积为124.6平方米（其中包括:湿性室43.3平方米、通用室48平方米、分析室16平方米、信息处理中心17.3平方米），另可配带10英尺标準货柜实验室。甲板作业面积为330平方米（前甲板150平方米、后甲板180平方米）。实验室配有网路终端、网路接口、罗经接口、6000米测深仪、冷冻柜、烘箱、通风柜、水池等。货柜实验室配有水、电、网路及通讯接口。各实验室之间以及到后甲板作业区均配有走线孔。
后甲板配有8吨A型架一个、2吨折臂吊一台、1吨伸缩吊（水文）一台、1吨倒L型架（水文）一个以及6000米地质绞车一台、3000米水文绞车一台。前甲板配有2000米水文绞车及吊桿2台套，绞车及吊桿操作均由控制台控制。

2010年6月8日，“科学三号”海洋科学考察船执行了2010年东海（长江口）海洋科学共享航次任务。该航次是国家自然科学基金于2009年度试点资助的“国家自然科学基金项目海洋科学调查船时费”5个共享航次之一，由海洋所负责组织实施，共搭载了18项国家自然科学基金项目，对长江口及东海陆架海域7条科学考察断面的46个调查取样站位进行了考察，来自海洋所、厦门大学、中国海洋大学、南京大学、华东师範大学的25名专家参加了该航次。

2010年12月，中科院海洋研究所“科学三号”海洋科学考察船驶离青岛前海海事局码头，赴黄海、东海海域执行2010年秋季开放航次任务。该航次预计海上调查约15天，航程约1800海里。
海洋研究所刁新源担任本航次首席科学家，48名科研人员参加了该次科考。该航次考察内容包括海洋水文观测、海流及气象观测、海洋生物与生态化学观测、海洋地质等。调查区域位于北纬31度以北、北纬39度以南的黄东海近海海域，共设站位49个，其中CTD测量测点49个站、浮游生物拖网和底栖生物拖网各25个站。

2012年6月12日，“科学三号”考察船驶离青岛奥帆基地码头，赴东海执行2012年国家自然科学基金“东海科学考察实验研究”海洋科学共享航次任务。

该次考察将以东海海域海陆相互作用为主线，围绕“长江口及邻近陆架的海洋环境演变和生态系统回响”关键科学问题，依据高效和一船多用的原则，开展区域内的水动力环境、海洋生物与生态以及水体和沉积环境的综合科学考察，研究东海海洋生态系统的结构、功能及其时空演变规律，描述物理、化学、生物过程对海洋环境演变的影响及生态系统对其变化的回响和反馈机制，进一步地理解全球变化背景下东海陆架海域海洋生态环境演变和生态系统回响。

来自国内中国海洋大学、厦门大学、同济大学、暨南大学、聊城大学、中国水产科学院东海水产研究所和中科院海洋所7家科研院所和高校的30多名考察队员参加了该航次，中科院海洋所王云峰副研究员担任首席科学家。